Hiện nay tôm chân trắng bố mẹ đa số được tuyển chọn kỹ lưỡng, nuôi trong môi trường nhân tạo, loại bỏ hết các mầm bệnh nguy hiểm như đốm trắng, đầu vàng, taura. Khác với tôm sú, nguồn bố mẹ chủ yếu lấy từ biển, loại bỏ các mầm bệnh nguy hiểm khó triệt để (khi tôm cái lấy từ biển đã có túi tinh ở cơ quan sinh dục cái, nếu kiểm tra các bệnh nguy hiểm từ cơ thể tôm mẹ rất dễ dàng, nhưng không thể kiểm tra được túi tinh) sản sinh ra tôm giống có thể vẫn mang mầm bệnh; khi kiểm tra giống cũng chỉ kiểm tra đại diện (1 bể 500.000 PL chỉ kiểm tra khoảng 100 PL).

Các trại có qui trình nuôi tôm bố mẹ tốt, con giống tôm chân trắng sản xuất ra sẽ không có các mầm bệnh nguy hiểm; như vậy trong nuôi tôm thương phẩm các mầm bệnh chủ yếu trong môi trường tự nhiên lây qua, do xử lý ao và nguồn nước không triệt để, phòng các nguồn bệnh từ trên đất (chuột, cua, còng, rắn..), trên trời (chim, cò..) không tốt, sẽ gây bệnh cho tôm nuôi là chính.